Diese Gemeinde wurde 1542 unter dem Namen San Miguel el Grande gegründet und stand unter dem Patronat des Erzengels San Miguel.

Sie war ein wichtiger Durchgangsort auf der Silberstraße, dem alten Camino Real. Im 18. Jahrhundert wurden die wichtigsten religiösen und zivilen Gebäude errichtet, unter denen das Konsistorialhaus von 1736, das heutige Gemeindepräsidium, das Haus von Ignacio Allende, das heutige Regionalmuseum, das Haus des Mayorazgo del Canal und das von Manuel Tolsá sowie das des Inquisitors, das des Marquis von Jaral de Berrio und das der Hunde hervorstechen.

So auch die Kirche und das Kloster Santo Domingo, das Kloster La Concepción, das heutigen Kulturzentrum, die Kapelle Santa Cruz del Chorro, der Tempel des Dritten Ordens, der Tempel und das Oratorium von San Felipe Neri, der von Loreto, der von Nuestra Señora de la Salud und der Tempel und das Kloster von San Francisco.

Die repräsentativste Kirche ist die von San Miguel Arcángel, in deren Atrium sich ein Denkmal für Bruder Juan de San Miguel, den Gründer der Stadt, befindet. Am 8. Juli 2008 wurde San Miguel de Allende von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt. Die Wallfahrtskirche von Atotonilco ist nur wenige Minuten entfernt.