Cette municipalité a été fondée en 1542 sous le nom de San Miguel el Grande, sous le patronage de l’archange San Miguel.

C’était un important site de transit sur la Route de l’Argent, l’ancien Camino Real. Au XVIIIe siècle furent construits ses édifices religieux et civils les plus importants, dont la Maison Consistoriale de 1736, actuelle présidence municipale ; la maison d’Ignacio Allende, actuel Musée Régional ; la Maison du Mayorazgo del Canal et celle de Manuel Tolsá, ainsi que celle de l’Inquisiteur, celle du marquis du Jaral de Berrio, et celle de Los Perros.

Outre l’église et le couvent de Santo Domingo, le couvent Leal de la Concepción, aujourd’hui le Centre Culturel; la chapelle de la Santa Cruz del Chorro; le temple du Tercera Orden; le temple et oratoire de San Felipe Neri, celui de Lorette; celui de Notre-Dame de la Santé et le temple et couvent de San Francisco.

L’église la plus représentative est celle de San Miguel Arcángel, dont l’atrium abrite le monument au frère Juan de San Miguel, fondateur de la ville. Le 8 juillet 2008, San Miguel de Allende a été déclaré patrimoine culturel de l’humanité par l’UNESCO. Le sanctuaire d’Atotonilco se trouve à seulement quelques minutes.