Questo comune fu fondato nel 1542 con il nome di San Miguel el Grande, sotto il patrocinio dell'arcangelo San Miguel.

Era un importante punto di transito sulla Via dell'Argento, l'antica Strada Reale. Nel XVIII secolo furono costruiti gli edifici religiosi e civili più importanti, tra cui spiccano il Municipio del 1736, attualmente sede della Presidenza Comunale; la casa di Ignacio Allende, attualmente Museo Regionale; la casa del Mayorazgo del Canal e quella di Manuel Tolsá, oltre a quella dell'Inquisitore, quella del Marchese di Jaral de Berrio e quella dei Cani.

Oltre alla chiesa e al convento di Santo Domingo, il convento di La Concepción, attualmente Centro Culturale; la cappella di Santa Cruz del Chorro; il tempio del Terzo Ordine; il tempio e l'oratorio di San Felipe Neri, quello di Loreto; quello di Nuestra Señora de la Salud e il tempio e il convento di San Francisco.

La chiesa più rappresentativa è quella di San Miguel Arcángel, nel cui atrio si trova il monumento a fra Juan de San Miguel, fondatore della città. L'8 luglio 2008 San Miguel de Allende è stata dichiarata Patrimonio Culturale dell'Umanità dall'UNESCO. Il santuario di Atotonilco si trova a pochi minuti di distanza.